原住民保留地的淵源很久，它是政府為了保障原住民的權益，安定原住民的生活，發展原住民的經濟，特別劃了二十四萬多公頃的國有土地，提供原住民使用。它的演變大致分下列四個時期來說明：

（一）清朝雍正時期：

實行「番大租」制度，准許漢人租用原住民的土地，它分為大租五百甲、中租四百甲、小租三百甲，這是原住民保留地的起源。

（二）清朝嘉慶時期：

改制設立「番社」，「番社」周圍二公里種樹作為籬笆，提供給原住民耕作、狩獵，嚴禁漢人越界侵墾，這類的土地是原住民保留地的雛型。

（三）日人據台時期：

日本人把台灣的土地區分為「要存置林野」、「準要存置林野」及「不要存置林野」，其中「準要存置林野」，又稱為「番人所要地」，它的面積約二十五萬公頃，是專門供給原住民耕作使用，這類的土地是原住民保留地的基礎。

（四）台灣光復以後：

早期沿習日本人舊有的土地制度和管理的範圍；民國三十六年將這些土地定名為「山地保留地」，民國三十七年台灣省政府訂定了「台灣省各縣山地保留地管理辦法」作為管理的法規依據，民國四十九年將前述辦法修正為「台灣省山地保留地管理辦法」（上述辦法又於民國五十五年及六十三年兩次修正），民國七十九年的時候，把「山地保留地」之名稱修改為「山胞保留地」，並由行政院訂定「山胞保留地開發管理辦法」，民國八十三年為了配合憲法的修改，又把「山胞保留地」名稱修改為「原住民保留地」，前述辦法名稱也同時修正為「原住民保留地開發管理辦法」。